Na primeira parte do jogo, os Combines invadem e tomam o controle do planeta Xen, eles fazem todos os xenianos de escravos, e após isso usam sua arma principal para eliminar os Xenianos. A arma dos combine e uma arma extra sensorial que tira a fertilidade dos seres...

Outra parte legal do jogo quando abaixo da supervisão dos chefões de Combine, Wallace Breen aciona o Resonance Cascade que esta próximo ao setor de materiais anômalos no complexo de Black Mesa, escolhendo uma amostra para usar. G-Man fica sabendo do plano que Breen contrui-ra junto dos Combine...

Jogo agora é ambientado quando Black Mesa tornou a terra vulneravel apos a explosao, deixando o caminho aberto para os Combine, e outro fato foi a abertura dos portais pelo mundo, usando o satélite de Lambda Core. Aliens de Xen de todos tipos foram teletransportados, indo para...