Gordon com a ajuda dos rebeldes consegue entrar na Cidatel de City 17. Com sua arma de gravidade tunada por um problema na área de confiscações, ele elimina tudo que no jogo, um batalhão das tropas Combine é disimando. Gordon encontra-se com Breen...

Após Gordon derrotar Breen e impedir seu tele-transporte, Citadel entra em Colapso, podendo liberar muita energia a ponto de causar muita destruição. Agora o jogo está voltado para que Gordon e Alyx entrem novamente na Citadel e atrasarem o processo distruição de Citadel para que os habitantes...

Com a Cidatel destruída, tambem foram temporariamente desativados os portais do jogo, e com isso restaram tropas isoladas dos Combine na Terra, estas tropas caminham em direção de outras cidades, com a intenção de acarbar com o maior número de humanos que puder, assim preparando a terra para uma próxima invasão.